こちらを参考にしました：
だた、さくらStandardではPHPのバージョンが選べるようになったりと、若干仕様変更があった。
SSHでログイン後、
% cp /usr/local/php/5.3.10/bin/php-cgi /home/アカウント名/www/php.cgi
とする。5.3.10は、rscontrolで設定しているphpのバージョンなので、自分の環境とあったものを選べば良いだろう。選択肢は(lsで表示されたもの)
4.4.9 5.2.17 5.3.10 default
そして、これを有効にしたディレクトリに
Action myphp-script /php.cgi AddHandler myphp-script .php .html
と記述する。
phpでよく使ってしまう、<?=$hogehoge?>といったshort_open_tag は、ちゃんと動作しなくなるので注意。